東京医科大学・医学総合研究所新宿キャンパス共同研究センターは、本学の教育・研究の進展に資することを目的として、共同利用研究機器の運用を通じて研究を支援するため創設された施設です。本センターには、電子顕微鏡室および組織培養室が整備されており、学部生や大学院生、教職員が自由に利用することができます。

電子顕微鏡室は、生物組織・細胞の内部構造解析用の透過型電子顕微鏡と表面・断面構造解析用の走査型電子顕微鏡が設置されています。学内外の研究者に門戸を開き、臨床・基礎医学的各分野で幅広く利用されています。